张冠雄，博士，熟练掌握包括单细胞测序和基因组、表观组、转录组、代谢组等多组学数据的整合分析技术。长期以来主要从事以恶性肿瘤为核心的生物信息学研究，主要包括肿瘤中非编码元件调控机制及其功能研究，基于单细胞测序数据的肿瘤微环境研究，以及复杂疾病组学大数据资源与计算分析平台的构建。共发表SCI论文15篇，共计影响因子105.993分（其中4篇影响因子大于10，6篇影响因子大于5）；以第一作者在国际重要学术期刊Nucleic Acids Research (IF: 16.971), Cancer Immunology Research (IF: 11.151)和Journal of BioChemistry (IF: 4.238)等发表SCI论文7篇，影响因子60.295分。研究成果被国际权威的基因注释资源GeneCards 和 MalaCards整合。主持湖南省优秀博士后创新人才计划项目1项，中国博士后面上基金项目1项，国家自然科学基金项目1项，主持哈尔滨医科大学研究生创新基金项目1项，参与国家自然科学基金项目1项。
教育经历：
2014 - 2019，哈尔滨医科大学，生物医学工程（生物信息学方向），博士。
2009 - 2014，哈尔滨医科大学，生物信息学，学士，黑龙江哈尔滨。
主要研究方向：
1.非编码RNA和调控元件介导的基因表达调控
2.利用单细胞测序数据解析肿瘤进化
3.肿瘤免疫微环境与免疫治疗
4.肿瘤免疫治疗及皮肤病发病机制 (2020年9月-至今)
参与和主持的科研项目：
1.湖南省优秀博士后创新人才计划项目(2021年度)，主持
2.国家自然科学基金青年项目:多组学解析铁死亡对肿瘤免疫微环境和免疫治疗的作用及其分子机制， 主持
3.中国博士后科学基金面上项目：整合多组学数据全面剖析腺苷代谢对肿瘤免疫微环境和免疫治疗的影响(2020M682587)， 主持
4.国家自然科学基金项目：整合多维组学数据识别多种癌症的驱动长非编码RNA（31601076）， 参与
5.哈尔滨医科大学研究生创新基金项目：基于lncRNA结合位点数据探究lncRNA调控的特点（YJSCX2016-14HYD）， 主持
奖励情况：
1.研究生（博士）国家奖学金 (2018)
2.黑龙江省普通高等学校“三好学生”称号 (2018)
3.哈尔滨医科大学“三好学生”称号 (2018)
4.哈尔滨医科大学学业优秀奖学金 (5次)
已发表文章：
1.Liu X#, Lu J#, Zhang G#, et al. A Machine Learning Approach Yields a Multiparameter Prognostic Marker in Liver Cancer. Cancer Immunol Res (SCI IF: 11.151). 2021#:Equal Contributions
2.Xin H, Zhang G#, Zhou W#, Chen H, et al. A risk scoring system to predict overall survival for patients with liver cancer. ASCO Annual Meeting. 2020 #:Equal Contributions
3.Zhang G#, Lan Y#, Xie A#, Shi J, Zhao H, Xu L, et al. Comprehensive analysis of lncRNA-chromatin interactions revealing lncRNA functions dependent on binding diverse regulatory elements. Journal of Biochemistry (SCI IF: 4.238). 2019 #:Equal Contributions
4.Zhang G#, Shi J#, Zhu S#, Lan Y, Xu L, Yuan H, et al. DiseaseEnhancer: a resource of human disease-associated enhancer catalog. Nucleic Acids Res (SCI IF: 16.971). 2018;46(D1):D78-D84. #:Equal Contributions
5.Yuan H#, Yan M#, Zhang G#, Liu W#, Deng C, Liao G, et al. CancerSEA: a cancer single-cell state atlas. Nucleic Acids Res (SCI IF: 16.971). 2019;47(D1):D900-D8. #:Equal Contributions
6.Yu F#, Zhang G#, Shi A#, Hu J, Li F, Zhang X, et al. LnChrom: a resource of experimentally validated lncRNA-chromatin interactions in human and mouse. Database (Oxford)(SCI IF: 3.626);2018. #:Equal Contributions
7.Pang L#, Hu J#, Zhang G#, Li X#, Zhang X, et al. Dysregulated long intergenic non-coding RNA modules contribute to heart failure. Oncotarget (SCI IF: 5.168). 2016;7(37):59676-90. #:Equal Contributions
8.Zhao H#, Zhang G#, Pang L#, Lan Y#, Wang L, Yu F, et al. 'Traffic light rules': Chromatin states direct miRNA-mediated network motifs running by integrating epigenome and regulatome. Biochim Biophys Acta-general subjects (SCI IF: 4.008). 2016;1860(7):1475-88.
9.Zhao C, Wu L, Liang D, Chen H, Ji S, Zhang G, et al. Identification of immune checkpoint and cytokine signatures associated with the response to immune checkpoint blockade in gastrointestinal cancers. Cancer Immunol Immunother (SCI IF: 6.968). 2021
10.Ji S, Chen H, Yang K, Zhang G, et al. Peripheral cytokine levels as predictive biomarkers of benefit from immune checkpoint inhibitors in cancer therapy. Biomed Pharmacother(SCI IF: 6.529). 2020
11.Zhao H, Liu T, Liu L, Zhang G, Pang L, Yu F, et al. Chromatin states modify network motifs contributing to cell-specific functions. Sci Rep.(SCI IF: 4.379) 2015;5:11938.
12.Fan H, Zhao H, Pang L, Liu L, Zhang G, Yu F, et al. Systematically Prioritizing Functional Differentially Methylated Regions (fDMRs) by Integrating Multi-omics Data in Colorectal Cancer. Sci Rep.(SCI IF: 4.379) 2015;5:12789.
13.Xiao Y, Yu F, Pang L, Zhao H, Liu L, Zhang G, et al. MeSiC: A Model-Based Method for Estimating 5 mC Levels at Single-CpG Resolution from MeDIP-seq. Sci Rep.(SCI IF: 4.379) 2015;5:14699.
14.Xu J, Bai J, Zhang X, Lv Y, Gong Y, Liu L, et al. A comprehensive overview of lncRNA annotation resources. Brief Bioinform.(SCI IF: 11.622) 2017;18(2):236-49.
15.Xiao Y, Gong Y, Lv Y, Lan Y, Hu J, Li F, et al. Gene Perturbation Atlas (GPA): a single-gene perturbation repository for characterizing functional mechanisms of coding and non-coding genes. Sci Rep.(SCI IF: 4.379) 2015;5:10889.
16.Zhao H, Xu J, Pang L, Zhang Y, Fan H, Liu L, et al. Genome-wide DNA methylome reveals the dysfunction of intronic microRNAs in major psychosis. BMC Med Genomics.(SCI IF: 3.063) 2015;8:62.
专长和技能
数据处理：有大规模NGS数据处理经验，包括基因组，表观组和转录组 in bulk and single-cell sequencing。
生物信息学分析和生物统计学：克隆识别、免疫浸润推断、差异表达分析、生存分析、主成分分析、功能富集分析、网络拓扑分析等。全部流行的统计检验，包括t检验、超几何检验、Wilcoxon秩和检验、Kolmogorov-Smirnov检验等。
机器学习：随机森林、线性回归、岭回归等。
编程能力：R, Python, java web, Linux shell。
